Expansionsområden

FinnGen 2 expansionsområden (EAs): 

• EA1 -  Förbättra rekryteringen inom specifika kliniska områden 
• EA2 - Återkontakta deltagare via enkäter 
• EA3 - Utöka fenotypinformationen med klinisk data 
• EA4 - Stödja metoder för att reproducera FinnGens associationsresultat 
• EA5 - Blodanalysprocess för uppföljande funktionella studier samt klinisk och molekylär karakterisering av finskberikade alleler 
• EA6 - Kognitiv försämring vid prodromal Alzheimers 

Expansionsområde 1 (EA1): Förbättra rekryteringen inom specifika kliniska områden 

Detta initiativ fokuserade på att stärka insamlingen av biobanksprover inom kliniska områden som var underrepresenterade i FinnGen. Ytterligare resurser, såsom forskningssjuksköterskor, tilldelades biobanker för att stödja den förbättrade insamlingen. Från hösten 2020 till våren 2023 fick sex sjukhusbiobanker i Finland stöd från FinnGen för att rekrytera en sjuksköterska. Helsingfors biobank fick också hjälp med en annan sjuksköterska för att förbättra insamlingen inom onkologi.

FinnGens styrgrupp förbättrade de förstärkta rekryteringsinsatserna, som främst riktades mot de kliniska områdena neurologi, reumatologi, interstitiell lungsjukdom (ILD), hjärtsvikt, onkologi (Helsingfors biobank) och gastroenterologi.

Expansionsområde 2 (EA2): Återkontakta deltagare via enkäter 

Expansionsområde 2 (EA2) syftade till att förbättra FinnGens data genom att nå ut till deltagare med enkäter. Målet var att samla in ytterligare hälsorelaterad och livsstilsinformation som inte finns tillgänglig i nationella register.

Planen var att kontakta 6 000 FinnGen-deltagare genom en onlineportal och uppnå en deltagarfrekvens på över 50 % med kompletteringsfrekvens av frågeformuläret på över 75 %. Studien skulle genomföras i faser: start med en pilotstudie av 6 000 deltagare, sedan skala upp till 20 000, och slutligen till 200 000 deltagare. 

Pilotstudien, som framgångsrikt lanserades i februari 2021, involverade tre kliniska biobanker och utvecklingen av en onlineportal kallad OmaBiopankki (MinBiobank). Även om portalen förbättrade kontakten med deltagarna ansågs den otillräcklig för implementering i stor skala. Administrativa processer behövde också effektiviseras.

Efter att ha utvärderat genomförbarheten och arbetsplanerna för uppskalning beslutade styrgruppen att avbryta aktiviteterna för expansionsområde 2 (EA2).
Resurserna omfördelades istället för att stödja kärnmålen. Studieprotokollet har publicerats i BMJ Open (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36198465/).
 

Expansionsområde 3 (EA3): Utöka fenotypinformationen med klinisk data 

Många komplexa sjukdomar har olika sjukdomsförlopp och underliggande orsaker. Den livslånga hälsovårdsdatan som finns tillgänglig i nationella hälsoregister utgör ett kraftfullt verktyg för att tackla problemet med sjukdomsprogression. All data som är relevant för hälsa och välfärd är dock inte tillgänglig genom nationella register. Sådana data inkluderar till exempel kvantitativa mått, som biomarkörer (laboratorievärden, fysiologiska mätningar, symtom, sjukhusadministrerade läkemedel, tumörpatologidata; eller sjukdomsspecifika sammansatta fenotyper). För att förbättra kvaliteten på sjukdomsförloppsstudier genomfördes sammanlagt 8 EA3-studier under FinnGen 2 som syftade till att erhålla ytterligare kliniska data relevanta för fenotypvalidering och patientstratifiering.

FinnGen 2 EA3-studier:

• Fettleversjukdom (FLD)
• Åldersrelaterad maculadegeneration (AMD)
• Kvinnors hälsa (delprojekt: PCOS, Endometriosis och Cervixdysplasi)
• Diabetes och sällsynta njursjukdomar
• Onkologi (delprojekt: Bröst, Prostata och äggstockscancer)
• Pulmonologi
• Immunmedierade sjukdomar (delprojekt reumatiska sjukdomar och IBD)
• Hjärtsvikt

EA4 -  Stödja metoder för att reproducera FinnGens associationsresultat 

EA4 syftade till att standardisera och genomföra metaanalyser av sjukdomsslutpunkter över FinnGen, UK Biobank (med upp till 500 000 försökspersoner) och den estniska biobanken (med upp till 200 000 försökspersoner).

Inom detta initiativ utförde FinnGens kärnanalysteam en metaanalys av 873 motsvarande slutpunkter (parade ihop baserat på ICD-10-definitioner) från biobanksstudien pan-UK, med fokus på en europeisk delmängd av denna datamängd. Resultaten av denna analys är offentligt tillgängliga på (länk till resultaten).

Dessutom etablerade FinnGen ett forskningssamarbete med den estniska biobanken och harmoniserade totalt 607 FinnGen-slutpunkter inom deras databas. Därefter utförde FinnGens kärnanalysteam en trevägs metaanalys, där GWAS-resultat från 415 matchande slutpunkter över FinnGen, den estniska biobanken och pan-UK biobanksstudien kombinerades. Forskningssamarbetet med den estniska biobanken avslutades i slutet av FinnGen 2. 

EA5 - Blodanalysprocess för uppföljande funktionella studier samt klinisk och molekylär karakterisering av finskberikade alleler 

EA5-projektet syftade till att etablera en strömlinjeformad process för insamling och analys av blodprov från 2500 finländska blodgivare som redan ingick i FinnGen-projektet. Mer specifikt fokuserades det på att undersöka cirka 100 genetiska variationer associerade med sjukdomar som är vanligare i den finländska befolkningen.

Projektet hade två huvudfaser: 

1. Inledningsvis var målet att utveckla och förbättra en process för insamling av plasma, serum och perifera blodprover från 500 FinnGen-genotypade donatorer för att visa genomförbarheten av insamlingsmetoden.
2. Därefter skalades samma insamlingsprocess upp för att inkludera prover från ytterligare 2000 donatorer.

Pilotfasen visade framgångsrikt att prover kunde samlas in, lagras och transporteras till biobanken inom en kort tidsram på två till fyra timmar, vilket säkerställde högkvalitativa prover för efterföljande analys. I augusti 2023 hade totalt 2500 prover framgångsrikt samlats in, främst från doneringsställen i Helsingforsområdet.

För att bättre förstå de funktionella konsekvenserna av de 100 sjukdomsassocierade genetiska varianterna specifika för den finländska befolkningen genomfördes olika analyser på de insamlade proverna:

• Metabolomikdata genererades från cirka 1000 plasmaprover med hjälp av Metabolon-plattformen.
• Proteomikdata erhölls från cirka 2200 plasmaprover med hjälp av Olink 3K-plattformen, och från cirka 1000 plasmaprover med hjälp av SomaLogic-plattformen.
• Serumprover (cirka 2200) analyserades för klinisk kemi och fullständig blodcellsantal.
• Perifera blodmononukleära celler (PBMCs) från cirka 360 donatorer genomgick enkelkärnig RNA- och ATAC-sekvensering, samt immunfenotypning. Dessutom utfördes enskild cellmålning på cirka 400 PBMCs.
   

EA6 - Kognitiv försämring vid prodromal Alzheimers

Denna pilotaktivitet fokuserade på att återkalla äldre biobanksdeltagare för att undersöka användbarheten av lätt implementerbara metoder för att bedöma risken för Alzheimers sjukdom (AD). En bättre förståelse för de tidigaste stadierna av AD kan påskynda utvecklingen eller administreringen av behandlingar. Pilotstudien utnyttjade unika finska arvskohorter som möjliggjorde bedömningen av longitudinella förändringar i kognition och plasmabiomarkörer i samband med genetiska riskpoäng för AD. Projektet jämförde också olika dator- och surfplattebaserade program som mäter minne och funktionsförmåga med neuropsykologiska undersökningar utförda av hälso- och sjukvårdspersonal. 

Först genomfördes en konceptstudie vid  Östra Finlands universitetet (UEF) hjärnforskingsavdelning, där 140 försökspersoner bjöds in till både lokala och distanstester. Detta var det första FinnGen delprojektet som bjuder in deltagare för ytterligare kliniska undersökningar. Datainsamling och studiebesök genomfördes i början av 2022 och resultaten av pilotstudien publicerades år 2023. Sammanlagt 27 försökspersoner kallades framgångsrikt tillbaka och slutförde studien.

En större multicenterstudie (TWINGEN) lanserades år 2023 och vid årets slut rekryterades 950 försökspersoner, varav cirka 700 slutförde testerna. Analysen av resultaten pågår, och flera nya publikationer baserade på insamlad data är under förberedelse. Studieprotokollet för TWINGEN är beskrivet i ett preprintformat här.